Στο Π.Μ.Σ. προβλέπονται τέλη φοίτησης τα οποία ανέρχονται στο συνολικό ποσό των δύο χιλιάδων και τετρακοσίων (2.400,00) ευρώ, καταβάλλονται σε τρεις ισόποσες δόσεις: 800,00 ευρώ με την εγγραφή των υποψηφίων και 800,00 ευρώ πριν την έναρξη του Β΄ και του Γ’ εξαμήνου αντίστοιχα. Η καταβολή των τελών φοίτησης διδάκτρων γίνεται σε καθορισμένες ημερομηνίες, εγκαίρως γνωστοποιημένες. Σε περίπτωση διακοπής της φοίτησης τα καταβληθέντα δίδακτρα δεν επιστρέφονται.
Η επιβολή τέλους φοίτησης/διδάκτρων κρίνεται αναγκαία, γιατί δεν διασφαλίζονται από άλλους πόρους οι απαραίτητες προϋποθέσεις για την λειτουργία του προγράμματος και την παροχή υψηλής ποιότητας υπηρεσιών. Το ύψος του τέλους προσδιορίζεται στη βάση και της ανταποδοτικότητας μεταξύ του τέλους και των υπηρεσιών (διδακτικών, προσβάσεων σε υλικό και πλατφόρμες, υποτροφιών).
Απαλλάσσονται από τα τέλη φοίτησης, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές των οποίων το εισόδημα (ατομικό ή οικογενειακό) δεν υπερβαίνει το μεν ατομικό το εκατό τοις εκατό (100%), το δε οικογενειακό το εβδομήντα τοις εκατό (70%) του εθνικού διάμεσου ισοδύναμου εισοδήματος. Οι απαλλασσόμενοι φοιτητές δεν θα πρέπει να ξεπερνούν το ποσοστό του τριάντα τοις εκατό (30%) του συνολικού αριθμού των φοιτητών που εισάγονται στο Π.Μ.Σ. και αφορά τη συμμετοχή σε ένα μόνο Π.Μ.Σ. Σύμφωνα με το άρθρο 35 του Ν. 4485/2017, αν οι δικαιούχοι υπερβαίνουν το ανωτέρω ποσοστό, επιλέγονται με σειρά κατάταξης ξεκινώντας από αυτούς που έχουν το μικρότερο εισόδημα. Η αίτηση απαλλαγής τελών φοίτησης υποβάλλεται από τον ενδιαφερόμενο/η στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ. ύστερα από την ολοκλήρωση της διαδικασίας επιλογής των φοιτητών στο Π.Μ.Σ.